Zunächst einmal sollte ein Anbieter wie ICQ, MSN etc der ein proprietäres Protokoll verwendet, nicht genutzt werden.
Auch die Verwendung der Originalsoftware des Herstellers ist keine gute Idee (es sei denn man braucht die Klicki-Bunti-Spiele von ICQ 6).
Als Alternative bietet sich Jabber an - ein offenes Protokoll. Sollte man der Ansicht sein, unbedingt parallel dazu auch weiterhin proprietäre Protokolle nutzen zu müssen, bietet sich ein Multiprotokoll-Messenger wie Miranda oder Pidgin an
Nun aber zu deiner ursprünglichen Frage: Natürlich ist es möglich auch Instant Messaging durch TOR zu anonymisieren. Dabei sollte jedoch bedacht werden, dass etwaige Daten etc je nach Dienst auch unverschlüsselt übertragen werden können - weswegen die Verbindung zusätzlich verschlüsselt werden sollte.
Es wird nämlich oft mißverstanden, dass Tor zwar Anonymisierung aber keine Verschlüsselung der Verbindung anbietet.
Es gibt zum Thema Datenschutz für Einsteiger sicher einige gute Quellen im Internet - eine Suchmaschine wie Ixquick (
https://www.ixquick.com/deu/)findet sicher etwas.